輕松上手分子動(dòng)力學(xué)模擬器LAMMPS：npt控溫估計(jì)FCC Cu熔點(diǎn)

無需安裝軟件，CPU 即可運(yùn)行

原標(biāo)題：輕松上手分子動(dòng)力學(xué)模擬器LAMMPS：npt控溫估計(jì)FCC Cu熔點(diǎn)
文章來源：HyperAI超神經(jīng)
內(nèi)容字?jǐn)?shù)：2672字

HyperAI超神經(jīng)官網(wǎng)推出LAMMPS入門教程

HyperAI超神經(jīng)官網(wǎng)的教程板塊上線了新的LAMMPS入門教程：「LAMMPS入門教程：npt控溫估計(jì)FCC Cu熔點(diǎn)」。該教程旨在幫助用戶快速上手LAMMPS，一款功能強(qiáng)大的分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件。

LAMMPS軟件介紹

1. LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是由美國(guó)Sandia國(guó)家實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的開源軟件，自2004年發(fā)布以來，在材料建模領(lǐng)域得到了廣泛應(yīng)用。

2. 它可用于模擬多種材料，包括固態(tài)材料（金屬、半導(dǎo)體）、生物分子和聚合物等，并提供多種粒子相互作用模型。

3. LAMMPS支持單處理器和并行運(yùn)行，代碼設(shè)計(jì)易于修改和擴(kuò)展，并在CPU、GPU和Intel Xeon Phis上提供加速性能。

4. 從2004年的5萬行代碼發(fā)展到2022年的100萬行代碼，展現(xiàn)了其持續(xù)的改進(jìn)和功能擴(kuò)展。

教程內(nèi)容及運(yùn)行步驟

1. **教程目標(biāo):** 理解npt控溫操作流程，學(xué)習(xí)使用dump和fix指令進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理。

2. **在線運(yùn)行:** 用戶可在HyperAI超神經(jīng)官網(wǎng)教程頁(yè)面找到該教程，并點(diǎn)擊“在線運(yùn)行此教程”進(jìn)行體驗(yàn)。需要注冊(cè)HyperAI賬號(hào)，新用戶可使用提供的邀請(qǐng)鏈接獲取免費(fèi)時(shí)長(zhǎng)。

3. **運(yùn)行環(huán)境:** 教程使用CPU版本的LAMMPS，并提供NVIDIA RTX 4090算力選擇（需付費(fèi)）。

4. **運(yùn)行步驟:** 克隆教程到個(gè)人容器，選擇算力及付費(fèi)方式，等待資源分配。進(jìn)入工作空間后，解壓提供的壓縮包`melt_u3.zip`，包含預(yù)設(shè)的LAMMPS輸入文件。在終端運(yùn)行命令`mpirun -np 2 lmp < melt.in | tee out`運(yùn)行模擬（約5-10分鐘）。

數(shù)據(jù)處理與可視化

1. **數(shù)據(jù)獲取:** 模擬完成后，`t_v.txt`文件包含溫度體積數(shù)據(jù)，`md.lammpstrj`文件包含原子軌跡數(shù)據(jù)。

2. **軟件安裝:** 教程指導(dǎo)用戶使用`apt-get`更新apt源并安裝`gnuplot`繪圖工具。

3. **結(jié)果可視化:** 運(yùn)行`gnuplot p.plt`腳本生成溫度-體積曲線圖，確定熔點(diǎn)（約1600K）。

4. **原子軌跡可視化:** 將`md.lammpstrj`文件下載到本地，使用OVITO軟件打開并播放，觀察銅原子溶解過程。

教程交流群

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