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Bowtie官網(wǎng)入口網(wǎng)址，超級快速的,較為節(jié)省內(nèi)存的短序列拼接至模板基因組的工具

NAMD官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一套廣為應(yīng)用的并行分子動力學(xué)模擬軟件，是主要用來研究大分子體系的高性能分子模擬軟件

MUMmer官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個(gè)快速比對兩個(gè)基因組序列的軟件

T-Coffee官網(wǎng)入口網(wǎng)址，準(zhǔn)確度和強(qiáng)大的功能，能夠整合很多信息,如結(jié)構(gòu)信息,實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)等用于序列比對

SAMtools官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一套與高通量測序數(shù)據(jù)交互的程序

InterProScan官網(wǎng)入口網(wǎng)址，通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫預(yù)測蛋白質(zhì)功能

ClustalW-MPI官網(wǎng)入口網(wǎng)址，并行ClustalW

ClustalW2官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一種漸進(jìn)的多序列比對方法,先將多個(gè)序列兩兩比對構(gòu)建距離矩陣,反應(yīng)序列之間兩兩關(guān)系

GROMACS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于研究生物分子體系的分子動力學(xué)程序包

HMMER官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于隱馬爾可夫模型,用于生物序列分析工作的一個(gè)非常強(qiáng)大的軟件包,它的一般用途是識別同源蛋白或核苷酸序列和進(jìn)行序列比對

EMBOSS官網(wǎng)入口網(wǎng)址，歐洲分子生物學(xué)開放軟件包,一個(gè)開源的序列分析軟件包

mpiBLAST官網(wǎng)入口網(wǎng)址，NCBI BLAST的免費(fèi)開源并行實(shí)現(xiàn)。通過數(shù)據(jù)庫碎片，查詢分段，智能調(diào)度和并行I/O有效利用分布式計(jì)算資源，mpiBLAST將NCBI BLAST性能提高了幾個(gè)數(shù)量級，同時(shí)擴(kuò)展到數(shù)百個(gè)處理器。

Elmer官網(wǎng)入口網(wǎng)址，開發(fā)的多物理場模擬軟件，可進(jìn)行基于有限元方法的流體力學(xué)、結(jié)構(gòu)力學(xué)、聲學(xué)、熱力學(xué)模擬

CAST3M官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款用于結(jié)構(gòu)分析的有限元軟件，適合固體、流體、傳熱等多領(lǐng)域問題，集成了前后處理和求解器

Fds官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款用于處理火災(zāi)驅(qū)動的流體流動的計(jì)算流體力學(xué)CFD軟件

OpenLB官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個(gè)c++庫,實(shí)現(xiàn)了晶格玻爾茲曼模擬這一應(yīng)用廣泛的計(jì)算流體動力學(xué)問題

Salome官網(wǎng)入口網(wǎng)址，為數(shù)值計(jì)算提供預(yù)處理和后處理的開放源代碼的通用平臺，由眾多可再用組件構(gòu)成，這些組件適用于多種硬件架構(gòu)

Code_Saturn官網(wǎng)入口網(wǎng)址，由EDF自1997年起自主研發(fā)的一款通用計(jì)算流體力學(xué)開源軟件

Code_Aster官網(wǎng)入口網(wǎng)址，結(jié)構(gòu)力學(xué)數(shù)值模擬的免費(fèi)軟件，主要由EDF研發(fā)部門的“機(jī)械和聲學(xué)分析”部門開發(fā)

Palobos官網(wǎng)入口網(wǎng)址，基于ＬＢＭ方法的計(jì)算流體軟件，主要用于流體模擬

OpenFOAM官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一個(gè)針對不同的的流動編寫不同的C++程序集合

XCrySDen官網(wǎng)入口網(wǎng)址，從頭計(jì)算、DFT和半經(jīng)驗(yàn)的從頭電子結(jié)構(gòu)SCF-MO程序包，可以處理環(huán)境的影響和相對論效應(yīng)，特別著重于開殼層分子的光譜計(jì)算

ORCA官網(wǎng)入口網(wǎng)址，從頭計(jì)算、DFT和半經(jīng)驗(yàn)的從頭電子結(jié)構(gòu)SCF-MO程序包，可以處理環(huán)境的影響和相對論效應(yīng)，特別著重于開殼層分子的光譜計(jì)算

Multiwfn官網(wǎng)入口網(wǎng)址，能最全面、最易于使用、效率最高而且完全開源免費(fèi)的波函數(shù)分析程序

SIESTA官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于分子和固體的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算和分子動力學(xué)模擬

BerkeleyGW官網(wǎng)入口網(wǎng)址，可用于計(jì)算從周期性體相晶體到納米結(jié)構(gòu)多種材料（如二維平面、一維線和分子）的準(zhǔn)粒子性質(zhì)和光學(xué)響應(yīng)

WanT官網(wǎng)入口網(wǎng)址，用于模擬納米結(jié)構(gòu)的量子輸運(yùn)性質(zhì)（電導(dǎo)），通過實(shí)空間的Wannier function來描述體系的哈密頓量

PSI4官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款開源的從頭計(jì)算量子化學(xué)軟件

Yambo官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款從頭計(jì)算軟件，在多體微擾論及含時(shí)密度泛函理論框架下計(jì)算電子系統(tǒng)的準(zhǔn)粒子能量和光學(xué)性質(zhì)

DL_POLY官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款通用的經(jīng)典分子動力學(xué)軟件，能方便地在分布式存儲并行計(jì)算機(jī)上對大分子、聚合物、離子系統(tǒng)和溶液進(jìn)行分子動力學(xué)模擬

Octopus官網(wǎng)入口網(wǎng)址，一款贗勢實(shí)空間軟件包，用于含時(shí)電磁場下的一、二及三維有限系統(tǒng)的電子-離子動力學(xué)模擬

TURBOMOLE官網(wǎng)入口網(wǎng)址，進(jìn)行HF，DFT，MP2計(jì)算最快最穩(wěn)定的代碼之一