COSMOMC官網入口網址，宇宙學和天體物理研究中經常用到的一款重要的程序包

GADGET-2官網入口網址，一個極為流行的宇宙學模擬程序

MM5官網入口網址，中尺度天氣預報模式

CMAQ官網入口網址，通過整合多個相關科學規律模擬空氣質量問題發生的全過程

SELFE(ELCIRC)官網入口網址，基于非結構化三角形網格，專為有效模擬三維斜壓循環而設計

CESM官網入口網址，程序主要分為模擬大氣、地表、海洋和海冰四大部分

Cubep3m官網入口網址，專門為高度并行而設計的N體數值模擬程序，利用MPI和OpenMP兩層并行結構對N體問題Particle-Mesh算法進行加速

FVCOM官網入口網址，用于多尺度，多物理的海洋動力學模型模擬計算，對研究水體采用非結構網格劃分

WRF官網入口網址，一個應用廣泛的開源氣象模擬軟件

MPB官網入口網址，免費的開源軟件包，用于計算串行和并行計算機上的頻帶結構，色散關系和周期性介電結構的電磁模式

Meep官網入口網址，免費的開源軟件包，用于通過有限差分時域（FDTD）方法模擬電磁系統

Phonopy官網入口網址，一個由python編譯實現的的晶體聲子分析程序，基于第一性原理的聲子計算軟件的免費軟件

GPAW官網入口網址，性能與VASP不相上下，基于PAW方法和ASE的密度泛函理論（DFT）Python代碼

Smeagol官網入口網址，基于密度泛函理論(DFT)和非平衡格林函數疏運方法(NEGF)的從頭電子疏運代碼

DACAPO官網入口網址，基于密度泛函理論計算總量的程序

PWmat官網入口網址，原子尺度方面的材料模擬軟件包，它基于第一性原理，利用平面波基組、贗勢方法進行電子結構計算、分子動力學模擬

ABACUS官網入口網址，（UStc的基于原子軌道的從頭計算）是一個開源計算機代碼目標是從第一原理開始的大規模電子結構模擬

CALYPSO官網入口網址，（粒子群優化的晶體結構分析）是一種有效的結構預測方法及其同名計算機軟件

Quantum ESPRESSO官網入口網址，免費，用于電子結構計算和材料建模的從頭算量子化學方法的軟件套件

Wannier90官網入口網址，Wannier90使用Marzari和Vanderbilt的方法(MV)進行最大局域化瓦尼爾函數計算

EGO官網入口網址，模擬蛋白質的并行分子動力學計算程序

SPAdes官網入口網址，可以拼接來自多個平臺的測序數據

TopHat官網入口網址，一個快速的將RNA-Seq數據進行快速剪接映射的程序

NovoAlign官網入口網址，一款商業軟件,但是如果只是科研用途的話,可以直接從其網站上下載到編譯好的程序

HISAT2官網入口網址，是一種快速靈敏的比對程序，用于將下一代測序讀數（包括DNA和RNA）映射到人類基因組群體（以及單個參考基因組）

Megahit官網入口網址，用于大型和復雜宏基因組學NGS讀取的單節點匯編程序，例如土壤

Phylip官網入口網址，一款很經典的構建進化樹的軟件

MrBayes官網入口網址，使用貝葉斯方法構建系統發育樹

PAML官網入口網址，一款利用最大似然法對DNA或蛋白質序列進行系統發育分析的軟件包

GenomeComp官網入口網址，中科院生物物理所生物信息實驗室推出的可視化的微生物基因組比較工具

Velvet官網入口網址，用于拼接短序列組裝

ABySS官網入口網址，一個短序列的從頭拼接軟件