南開&山大&北理工團(tuán)隊開發(fā)trRosettaRNA：利用Transformer網(wǎng)絡(luò)自動預(yù)測RNA 3D結(jié)構(gòu)

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關(guān)鍵字：結(jié)構(gòu),方法,深度,基準(zhǔn),蛋白質(zhì)

文章來源：機(jī)器之心

內(nèi)容字?jǐn)?shù)：6624字

內(nèi)容摘要：將 ScienceAI設(shè)為星標(biāo)第一時間掌握新鮮的 AI for Science 資訊編輯 | 蘿卜皮RNA 3D 結(jié)構(gòu)預(yù)測是一個長期存在的挑戰(zhàn)。受最近蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測領(lǐng)域突破的啟發(fā)，南開大學(xué)、山東大學(xué)以及北京理工大學(xué)的研究團(tuán)隊開發(fā)了 trRosettaRNA，這是一種基于深度學(xué)習(xí)的自動化 RNA 3D 結(jié)構(gòu)預(yù)測方法。trRosettaRNA 流程包括兩個主要步驟：通過transformer網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行 1D 和 2D 幾何形狀預(yù)測；以及通過能量最小化進(jìn)行的 3D 結(jié)構(gòu)折疊。基準(zhǔn)測試表明 trRosettaRNA 優(yōu)于傳統(tǒng)的自動化方法。在 CASP15 和 RNA-Puzzles 實驗的盲測中，對天然 RNA 的自動 trRosettaRNA 預(yù)測與人類的頂級預(yù)測具有競爭力。當(dāng)通過均方根偏差的 Z 分?jǐn)?shù)進(jìn)行測量時，trRosettaRNA 的性能也優(yōu)于 CASP15 中其他基于深度學(xué)習(xí)的方法。該研…

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