復(fù)旦腦科學(xué)研究院新成果：借鑒語(yǔ)義分割，開(kāi)發(fā)空間轉(zhuǎn)錄組語(yǔ)義注釋工具 Pianno

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原標(biāo)題：復(fù)旦腦科學(xué)研究院新成果：借鑒語(yǔ)義分割，開(kāi)發(fā)空間轉(zhuǎn)錄組語(yǔ)義注釋工具 Pianno
關(guān)鍵字：轉(zhuǎn)錄,空間,注釋,數(shù)據(jù),基因
文章來(lái)源：HyperAI超神經(jīng)
內(nèi)容字?jǐn)?shù)：9433字

內(nèi)容摘要：

作者：哇塞
編輯：李寶珠，三羊
復(fù)旦大學(xué)腦科學(xué)研究院諸穎團(tuán)隊(duì)提出了「空間轉(zhuǎn)錄組語(yǔ)義注釋」概念，并開(kāi)發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組語(yǔ)義注釋工具 Pianno，能夠?yàn)榻M織內(nèi)的空間點(diǎn)自動(dòng)定義結(jié)構(gòu)或細(xì)胞類(lèi)型，從而結(jié)合來(lái)自多個(gè)維度的信息，加強(qiáng)對(duì)復(fù)雜生物系統(tǒng)的解釋。自 2020 年被 Nature Methods 評(píng)選為年度技術(shù)以來(lái)，「空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)」已成為當(dāng)今生命科學(xué)領(lǐng)域最炙手可熱的性技術(shù)之一。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，該技術(shù)能夠獲取組織空間信息和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從時(shí)間和空間維度精準(zhǔn)解析組織內(nèi)基因表達(dá)模式，以及細(xì)胞類(lèi)群的空間位置關(guān)系等生物學(xué)特征，在疾病研究、生長(zhǎng)發(fā)育、器官結(jié)構(gòu)和物種演化等領(lǐng)域的研究中均具有極高價(jià)值。
隨著空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在學(xué)術(shù)科研領(lǐng)域持續(xù)火爆，如 10x Visium、Slide-seq 以及 Stereo-seq 等空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)也如泉涌而出，這些最新成果和進(jìn)展正徹底地改變?nèi)祟?lèi)對(duì)組織內(nèi)基因表達(dá)模式的研究。然而，僅僅獲得組織內(nèi)特定物理坐標(biāo)的基因表達(dá)譜，還無(wú)法全面了解生物系統(tǒng)的復(fù)雜性，窮究其理，必須辨別組織內(nèi)每個(gè)空間點(diǎn)的生物學(xué)身份。
目前，基于機(jī)器學(xué)習(xí)的方法已被廣泛應(yīng)用于識(shí)別空間點(diǎn)的群集，并使用標(biāo)記基因解釋其生物學(xué)身

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