催化能力提高 3.5 倍!中科院團隊基于擴散模型,開發 P450 酶從頭設計方法 P450Diffusion
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原標題:催化能力提高 3.5 倍!中科院團隊基于擴散模型,開發 P450 酶從頭設計方法 P450Diffusion
關鍵字:解讀,序列,研究人員,模型,功能
文章來源:HyperAI超神經
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作者:梅菜
編輯:李寶珠,十九
中國科學院天津工業生物技術研究所的新酶設計團隊,開發了基于擴散模型和口袋設計原則的 P450 酶從頭設計方法 P450Diffusion。細胞色素 P450 酶幾乎于所有生物體中普遍存在,在生命成長和發育的各種代謝過程中發揮著重要作用。作為自然界中最通用的生物催化劑,P450 酶不僅能催化超過 95% 已報道的氧化還原反應,而且能在溫和條件下選擇性氧化惰性碳-氫鍵,被譽為工業應用中的「萬能催化劑」。
如今,定向進化已廣泛應用于設計具有更好性能的新型 P450 酶,然而,傳統方法通常需要多輪隨機誘變和高通量篩選,因此無論是執行實際實驗還是通過計算機模擬計算,都很難詳盡地探索潛在的蛋白質空間。
盡管深度學習在蛋白質結構預測方面取得了顯著成就,但理想的功能設計仍然是一項巨大挑戰——在進行蛋白質功能設計時,很難收集到足夠的高質量功能數據,并訓練一個復雜的模型以創建具有所需功能的序列,因此,將知識驅動的技術與強大的深度學習模型相結合,以擴展自然蛋白質序列空間,可能是設計新型 P450 酶的適當方法。
近日,中國科學院天津工業生物技術研究所江會鋒、程健等研究員,通過
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