實現(xiàn)蛋白質(zhì)動態(tài)對接預(yù)測！上海交大/星藥科技/中山大學(xué)等聯(lián)合推出幾何深度生成模型DynamicBind

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原標(biāo)題：實現(xiàn)蛋白質(zhì)動態(tài)對接預(yù)測！上海交大/星藥科技/中山大學(xué)等聯(lián)合推出幾何深度生成模型DynamicBind
關(guān)鍵字：蛋白質(zhì),結(jié)構(gòu),模型,藥物,口袋
文章來源：HyperAI超神經(jīng)
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內(nèi)容摘要：

作者：李姝
編輯：李寶珠
上海交通大學(xué)鄭雙佳課題組聯(lián)合星藥科技、中山大學(xué)藥學(xué)院以及美國萊斯大學(xué)，提出了為蛋白質(zhì)「動態(tài)對接」設(shè)計的幾何深度生成模型 DynamicBind，可以有效地將蛋白質(zhì)構(gòu)象從最初的 AlphaFold 預(yù)測狀態(tài)調(diào)整到 holo-like 狀態(tài)，為后 AlphaFold 時代的藥物研發(fā)提供了一種基于深度學(xué)習(xí)的、考慮蛋白動態(tài)變化的新研究策略。蛋白質(zhì)是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，其功能與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、構(gòu)象的動態(tài)性緊密相關(guān)，并且受配體調(diào)節(jié)。蛋白質(zhì)-配體的相互作用研究對于藥物的發(fā)現(xiàn)與篩選，具有重要意義。縱觀其研究進(jìn)程，AlphaFold 的面世是一個里程碑式突破，能夠預(yù)測單個蛋白質(zhì)的空間三維結(jié)構(gòu)，為研究蛋白質(zhì)–配體相互作用提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。
但 AlphaFold 只能預(yù)測蛋白質(zhì)在一個瞬間的靜態(tài)結(jié)構(gòu)，未能實現(xiàn)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)動態(tài)變化的預(yù)測。當(dāng)使用 AlphaFold 預(yù)測的無配體蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)作為對接進(jìn)行輸入時，所得到的配置預(yù)測往往與配體結(jié)合的共晶結(jié)構(gòu)不吻合。并且，AlphaFold 預(yù)測的結(jié)構(gòu)，很難展現(xiàn)出與配體結(jié)合最有利的側(cè)鏈和主鏈構(gòu)型，導(dǎo)致相關(guān)的活性位點不在正確的位置上，所以目前很難利用 Al

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