上海交大余祥課題組發布可遷移深度學習模型,鑒定多類型 RNA 修飾、顯著減少計算成本
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原標題:上海交大余祥課題組發布可遷移深度學習模型,鑒定多類型 RNA 修飾、顯著減少計算成本
關鍵字:模型,轉錄,解讀,數據,團隊
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作者:哇塞
編輯:李寶珠,三羊
上海交通大學生命科學技術學院長聘教軌副教授余祥課題組,聯合上海辰山植物園楊俊 / 王紅霞團隊,開發了可遷移深度學習模型 TandemMod,實現了在 DRS 中鑒定多種類型的 RNA 修飾。2021 年,因中國科學院院士高福大聲疾呼,mRNA 疫苗一夜之間名聲鵲起,成為人們在新型冠狀病毒肆虐期間的希望。如今,那段特殊過往已成歷史,但 mRNA 疫苗背后的 RNA 修飾卻仍在以日新月異的速度向前發展。
所謂 RNA 修飾,是一類重要轉錄后調控方式,能夠廣泛參與各種 RNA 轉錄后的加工代謝途徑。
RNA 修飾之所以值得被關注,還因其在真核生物生長發育過程中發揮了至關重要的生物學功能。例如,近年研究發現,N?-腺苷 (m?A) 在哺乳動物胚胎干細胞中的去穩定化作用與多種疾病相關,5-胞嘧啶 (m?C) 與水稻對高溫的耐受性有關。
不過,RNA 具有多種類型的修飾,迄今為止,自然界 RNA 中被發現的修飾類型已超過 160 種。此前,由牛津納米孔科技有限公司 (Oxford Nanopore Technologies, ONT) 開發的納米孔直接 RN
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