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原標(biāo)題：30倍于傳統(tǒng)方法，中國(guó)科學(xué)院團(tuán)隊(duì)Transformer深度學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)糖-蛋白質(zhì)作用位點(diǎn)
關(guān)鍵字：糖類(lèi),蛋白質(zhì),結(jié)構(gòu),分子,蛋白
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編輯 | 蘿卜皮
糖類(lèi)是自然界中最豐富的有機(jī)物質(zhì)，對(duì)生命至關(guān)重要。了解糖類(lèi)如何在生理和病理過(guò)程中調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)，可以為解決關(guān)鍵的生物學(xué)問(wèn)題和開(kāi)發(fā)新的治療方法提供機(jī)遇。
然而，糖類(lèi)分子的多樣性和復(fù)雜性，對(duì)實(shí)驗(yàn)識(shí)別糖-蛋白質(zhì)結(jié)合以及相互作用的位點(diǎn)提出了挑戰(zhàn)。
在這里，中國(guó)科學(xué)院團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種深度學(xué)習(xí)模型 DeepGlycanSite，它能夠準(zhǔn)確預(yù)測(cè)給定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)上的糖結(jié)合位點(diǎn)。
DeepGlycanSite 將蛋白質(zhì)的幾何和進(jìn)化特征融入具有 Transformer 架構(gòu)的深度等變圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中，其性能顯著超越了之前的先進(jìn)方法，并能有效預(yù)測(cè)各種糖類(lèi)分子的結(jié)合位點(diǎn)。
結(jié)合誘變研究，DeepGlycanSite 揭示了重要 G蛋白偶聯(lián)受體的鳥(niǎo)苷-5′-二磷酸糖識(shí)別位點(diǎn)。
這些發(fā)現(xiàn)表明 DeepGlycanSite 對(duì)于糖結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)具有重要價(jià)值，并可以深入了解具有治療重要性蛋白質(zhì)的糖類(lèi)調(diào)節(jié)背后的分子機(jī)制。
該研究以「Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite」為題，于 2024 年 6 月 17 日發(fā)

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作者微信：almosthuman2014
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